ماداگاسکار داستان حیواناتی است که در باغ وحش شهر نیویورک زندگی می کنند که ۴ دوست می باشند : شیر ، گوره خر ، زرافه و یک کرگدن باردار. با گم شدن یکی از آن ها بقیه به دنبال او اسیر شده و داخل قفس به افریقا برگردانده می شوند و در همین حین یک اتفاق در دریا آن ها را به سمت سواحل ماداگاسکار می کشاند. آن ها با ورود به دنیای وحش با یک بومی ماداگاسکاری که نوعی میمون است آشنا می شوند. سرانجام قهرمان داستان ما با واقعیت های مقدر شده طبیعت مواجه می شود و …